El establecimiento de colonos españoles en el valle de Siancas se produjo con seguridad al año siguiente de la fundación de la ciudad de Salta en 1582 debido al otorgamiento de mercedes de tierra, sin embargo, algunos historiadores creen que el gobernador Gonzalo de Abreu y Figueroa fundó una ciudad denominada San Clemente de la Nueva Sevilla un año antes en el sitio de Cobos, y que fue trasladada y renombrada por Hernando de Lerma para fundar la ciudad de Salta.
En el lugar fue establecido un puesto de avanzada que debido a los ataques de los indígenas el gobernador del Tucumán Tomás Félix de Argandoña decidió transformar en fuerte. La fundación fue realizada el 26 de agosto de 1690 por el teniente gobernador de Salta, Diego Diez Gómez.
En 1733 la edificación fue reconstruida por el gobernador Juan de Armasa y Arregui, hecho que quedó registrado en el dintel de acceso al fuerte.
En 2022 comenzó el proceso de restauración de este edificio de adobe que es monumento histórico nacional. Los trabajos se iniciaron en conjunto entre el gobierno de la provincia de Salta y el Estado Argentino por parte del Ministerio de Obras Públicas.
La Dirección Nacional de Gestión de Obras estuvo a cargo de la supervisión de las tareas con la participación de la entonces directora arqta. Mariana Quiroga, y el equipo de restauración encabezado por la arqta. Flavia Rinaldi y la restauradora Laura Basterrechea.
Relevamiento realizado para el Ministerio de Obras Públicas.
